Ha sufrido la Perla Tapatía muy graves epidemias a lo largo de su historia; empezando por el tifo trasmitido por piojos que se presentó en 1737, repitió en 1763 y en 1814, la viruela -tan mortífera- en 1762, regresó en 1780, en 1798 y en 1830; el cólera, en 1833 y 1850, y quizá la peor, la pandemia de la gripe malamente llamada española de 1918 que azotó al mundo entero ocasionando cinco veces más muertes que la recién finalizada Primera Guerra Mundial.