Franciscanos que tenían un convento en Tetlán lo cambiaron trayéndose con ellos a muchos indígenas, fundando un asentamiento al que se denominó Analco, "al otro lado del río" en náhuatl.
Fue erigida una ermita en 1599 dedicada a San Sebastián; casi 100 años después, en 1697, fue iniciada la construcción del conocido templo.
Pero después se levantó otro, generando cierta rivalidad. Este fue dedicado a San José, que pronto llegó a ser la parroquia del barrio.
El barrio estuvo mucho tiempo divido en dos, se daba el nombre de Analco nuevo a la zona de San José y Analco viejo a la de San Sebastián.
Analco fue el epicentro del episodio más triste en la historia reciente de Guadalajara: las explosiones del 22 de abril de 1992.
Cuando se cumplieron 20 años de la tragedia, vecinos colocaron ofrendas y una placa en una de las fuentes del Jardín de San Sebastián.
